长期以来,人力的有限性严重阻碍着生命科学的发展,而智能体(Agent)的出现,有望打破这一瓶颈。
刚刚,全球首个通用生物医学AI智能体Biomni正式开源,相关代码及文件已经在Github发布,现已斩获超过700星,任何人都可以进行本地部署。
开源地址:https://github.com/snap-stanford/Biomni
今年6月,来自斯坦福大学的团队,联合Genentech, Arc Institute, 加州大学旧金山分校, 普林斯顿大学等多个机构发表了Biomni: A General-Purpose Biomedical AI Agent,首次报道了Biomni。
作为一款通用生物医学智能体,Biomni能够自主执行横跨遗传学、基因组学、微生物学、药理学和临床医学等多个生物医学分支领域的复杂研究任务。
Biomni的独特之处在于系统地构建了一个全面的研究环境,使得Agent能像真正的科学家一样,调用各种专业软件、查询数据库、甚至指导湿实验,并通过生成代码来高效、灵活地完成任务。
在包括基因克隆和多组学数据分析等多项研究任务中,Biomni均大幅缩短了研究时间并成功实现了科学发现。
开发人员表示,Biomni现已开放征集新工具、数据集、软件等资源,鼓励更多人参与进来以推动对现有系统的优化改进,团队正在构建下一代生物医学软件和数据环境Biomni-E2。
AI尤其是智能体的发展正推动“虚拟科学家”的到来,落地速度远超想象,一些领先成果的科研任务执行水平已经比肩甚至超越人类。
5月,前谷歌CEO投资的非营利组织FutureHouse发布了多智能体系统Robin,宣称这是世界首个公开可用的AI科学家,实验结果显示,其综合能力超越了博士水平的研究人员。
未来,每一位生物学家都将配备若干个AI助手,推动科研模式从人类孤军奋战向人机协同的转变,显著提升生命研究的效率,为探索科学前沿开辟更多可能性。
Biomni由两个核心组件构成:Biomni-E1(统一的生物医学软件和数据环境)和Biomni-A1(基于该环境的智能体)。
Biomni-E1:统一的生物医学软件和数据环境,整合了150个专业生物医学工具、105个软件包和59个数据库。
图:Biomni-E1
Biomni-A1:通用智能体架构,引入基于LLM的工具选择机制,以应对生物医学工具的复杂性和专业性挑战;采用代码作为通用行动接口,使其能够组合执行涉及循环、并行化和条件逻辑的复杂工作流程;并运用自适应规划策略,基于生物医学知识制定初始计划,并在执行过程中持续优化改进。
在人类最后考试(HLE)中,Biomni在涵盖14个生物医学子领域的52个问题上取得17.3%的准确率,显著超越基础LLM模型(6.0%)、编码智能体(12.8%)和文献智能体(12.2%),展现了其在陌生生物医学领域的出色泛化能力。
在LAB-Bench测试中,Biomni在DbQA任务中达到74.4%的准确率,与专家人类表现(74.7%)基本持平;在SeqQA任务中取得81.9%的准确率,显著超越了人类水平(78.8%)。
图:Biomni基准测试表现卓越
在研究团队精心设计的生物医学基准测试,Biomni展现出显著的性能优势:相较于基础LLM模型提升402.3%,相较于编码智能体提升43.0%。
研究中,Biomni成功执行了可穿戴传感器数据分析、多组学骨骼发育研究任务,完成了科学发现;在基因克隆任务中,Biomni生成的实验方案在准确性和完整性方面均达到人类专家水平,且当科学家按照其方案操作后,测序结果显示序列完美匹配。
生命科学领域的智能体正展现出突破性的科研能力,相关成果加速落地。
今年5月,前谷歌CEO Eric Schmidt投资的一家非营利机构FutureHouse,发布了多智能体系统Robin。
图:Robin智能体系统
只要给定一种疾病,Robin就会自动检索文献提出疾病机制,识别相关的体外实验,并提出药候选方案。
短短的10周之内,Robin自主发现了一款名为Ripasudil的ROCK抑制剂可以作为治疗干性老年黄斑性变形(AMD)的潜在疗法。
而此前,几乎没有任何文献指出使用ROCK抑制剂有望用于治疗干性AMD。几位眼科专家表示,这个疗法非常有趣又新颖。
整个过程中,AI负责所有的智力工作,包括生成了所有假设、实验选择、数据分析和图表,人类研究人员负责执行物理试验。
FutureHouse创始人表示,当前爆炸的科学成果给科学家们带来了信息瓶颈。仅在PubMed上就有 3800 万篇论文,更不要说500,000+ 临床试验和数千种专业工具,让研发人员经常无从下手。
而开发AI 科学家有望解决这个问题,通过整合大语言模型、AI生物学模型等各种前沿工具,让其具有超强的文献搜索和研究能力。
当前,AI在生命科学领域展现出巨大潜力,特别是生物大模型的快速发展,让人们看到了AI赋能药物研发、疾病诊断等方面的可能性。
然而,尽管模型能力不断提升,行业却面临一个日益凸显的问题:算法模型的迭代速度与行业实际应用之间存在一定程度的错位。
许多生物大模型已经具备了强大的功能,但其价值尚未被充分认知和利用,这使得“卷模型”本身已经远远不能满足AI+生命科学的发展需求。
要真正将大模型的潜力转化为实际的生产力,智能体(Agent)是打通“最后一公里”的关键方向,契合行业从技术导向转变为应用导向的重要趋势。
在理想情况下,智能体需要能够根据多样的条件自主进行决策和规划,这极大地考验着AI厂商对于用户和场景需求的深刻感知能力。
智能体的引入,对生物科技产业的各类参与者具有着不同意义。
对于跨国药企而言,智能体能够深入到药物研发、临床试验、市场分析等各个环节,自动化并优化复杂的工作流,从而提升运营效率,加速创新成果的转化,成为推动公司数字化、智能化转型的重要抓手。
诸如默克、赛诺菲、Moderna等行业巨头已经敏锐地捕捉到这一趋势并积极布局。
对于AI+生命科学平台型公司而言,智能体能够将模型的预测、分析能力与具体的实验操作、数据解读相结合,带来更具实效性的成果,是提升交付能力、充分发挥底座大模型潜力的关键,加速将技术优势转化为商业价值。
对于自动化实验室企业而言,通过与实验室系统深度耦合,智能体能够实现对实验流程的智能控制、数据采集的自动化以及结果分析的优化,彻底改变传统的人机交互模式,显著提升产品及业务价值。
一些顶级投资机构,已经充分认识到Agent对于生命科学的巨大价值,头部项目已经浮出水面。
比如今年3月,Flagship Pioneering孵化的Lila Sciences首轮即获得2亿美元的资金,公司致力于构建世界上第一个科学超级智能平台,以及应用于生命、化学和材料科学的完全自主实验室。
投资Lila Sciences的机构表示,公司的Agent将利用人工智能科学工厂(经过AI和机器人技术优化的实验室)来生产两种前所未有的“产品”——科学智能和新的科学知识。
Biomni的诞生是AI+生命科学领域的一项里程碑,揭示了Agent正成为AI赋能生命科学的关键趋势。
未来,围绕Agent的将不仅仅是算法层面的创新,更是商业模式和产业生态的比拼,这对赛道上的玩家们提出了更多挑战。
尽管业界普遍期待智能体能像ChatGPT一样掀起新一轮革命,但目前尚未出现令人耳目一新的现象级产品。特别是在生命科学领域,我们可能需要更多的耐心来等待其真正成熟和广泛应用。
文章来自于微信公众号“智药局”,作者是“子任”。
【开源免费】Browser-use 是一个用户AI代理直接可以控制浏览器的工具。它能够让AI 自动执行浏览器中的各种任务,如比较价格、添加购物车、回复各种社交媒体等。
项目地址:https://github.com/browser-use/browser-use
【开源免费】n8n是一个可以自定义工作流的AI项目,它提供了200个工作节点来帮助用户实现工作流的编排。
项目地址:https://github.com/n8n-io/n8n
在线使用:https://n8n.io/(付费)
【开源免费】DB-GPT是一个AI原生数据应用开发框架,它提供开发多模型管理(SMMF)、Text2SQL效果优化、RAG框架以及优化、Multi-Agents框架协作、AWEL(智能体工作流编排)等多种技术能力,让围绕数据库构建大模型应用更简单、更方便。
项目地址:https://github.com/eosphoros-ai/DB-GPT?tab=readme-ov-file
【开源免费】VectorVein是一个不需要任何编程基础,任何人都能用的AI工作流编辑工具。你可以将复杂的工作分解成多个步骤,并通过VectorVein固定并让AI依次完成。VectorVein是字节coze的平替产品。
项目地址:https://github.com/AndersonBY/vector-vein?tab=readme-ov-file
在线使用:https://vectorvein.ai/(付费)
【开源免费】DeepBI是一款AI原生的数据分析平台。DeepBI充分利用大语言模型的能力来探索、查询、可视化和共享来自任何数据源的数据。用户可以使用DeepBI洞察数据并做出数据驱动的决策。
项目地址:https://github.com/DeepInsight-AI/DeepBI?tab=readme-ov-file
本地安装:https://www.deepbi.com/
【开源免费】airda(Air Data Agent)是面向数据分析的AI智能体,能够理解数据开发和数据分析需求、根据用户需要让数据可视化。
项目地址:https://github.com/hitsz-ids/airda
【开源免费】AutoGPT是一个允许用户创建和运行智能体的(AI Agents)项目。用户创建的智能体能够自动执行各种任务,从而让AI有步骤的去解决实际问题。
项目地址:https://github.com/Significant-Gravitas/AutoGPT
【开源免费】MetaGPT是一个“软件开发公司”的智能体项目,只需要输入一句话的老板需求,MetaGPT即可输出用户故事 / 竞品分析 / 需求 / 数据结构 / APIs / 文件等软件开发的相关内容。MetaGPT内置了各种AI角色,包括产品经理 / 架构师 / 项目经理 / 工程师,MetaGPT提供了一个精心调配的软件公司研发全过程的SOP。
项目地址:https://github.com/geekan/MetaGPT/blob/main/docs/README_CN.md